تتكوّن منظومة التعليم العالي الفلاحي من 11 مؤسسة عمومية ذات صبغة إدارية، تتمتع بشخصية مدنية وإستقلالية مادية.
تخضع هذه المؤسسات إلى الإشراف المزدوج بين وزارة الفلاحة ووزارة التعليم العالي والبحث العلمي وتكنولوجيا المعلومات والاتصال ويتمّ التنسيق بين الوزارتين والمؤسسات عن طريق مؤسسة البحث والتعليم العالي الفلاحي والجامعات المعنية ( جامعة قرطاج، جندوبة،منّوبة وسوسة ):
مؤسسات التعليم العالي الفلاحي حسب التوزيع الجغرافي :

تونس :

• المعهد الوطني للعلوم الفلاحية بتونس
• المدرسة العليا للصناعات الغذائية بتونس

أريانة :

• المدرسة الوطنية للطب البيطري سيدي ثابت
• المعهد العالي للدراسات التحضيرية في البيولوجيا والجيولوجيا بسكرة

بنزرت :

• المعهد الأعلى للصيد البحري وتربية الأحياء المائية ببنزرت
• المدرسة العليا للفلاحة بماطر

زغوان :

• المدرسة العليا للفلاحة بمقرن

سوسة :

• المعهد الأعلى للعلوم الفلاحية بشط مريم

باجة :

• المدرسة العليا لمهندسي التجهيز الريفي بمجاز الباب

جندوبة :

• معهد الغابات والمراعي بطبرقة

الكاف :

• المدرسة العليا للفلاحة بالكاف